La Secretaría está dirigida por un Secretario Ejecutivo designado por la Cumbre para un período de tres años, renovable una vez
Las funciones de la Secretaría son:
- Asegurar el buen funcionamiento de la Comisión,
- implementar las decisiones de la Cumbre y del Consejo,
- Preparar informes, decisiones y acuerdos de proyecto, para su examen por la Cumbre y el Consejo
- Formular recomendaciones que puedan contribuir al funcionamiento y el desarrollo eficaz y armoniosa de la Comisión;
- Asegurar los servicios técnicos para las reuniones de la Cumbre y del Consejo, así como de las comisiones especializadas;
- Asumir el papel de depositario de los documentos y de los bienes de la Comisión;
- Preparar el presupuesto de la Comisión;
Desempeñar otras funciones que la Conferencia o el Consejo pudieran confiarle.