Le Secrétariat est dirigé par un Secrétaire Exécutif nommé par la Conférence pour un mandat de trois ans, renouvelable une fois.
Les fonctions du Secrétariat sont:
- Assurer le bon fonctionnement de la Commission,
- Mettre en œuvre les décisions de la Conférence et du Conseil,
- Préparer les rapports, les projet des décisions et d’accords, pour examen par la Conférence et le Conseil,
- Formuler des recommandations susceptibles de contribuer au fonctionnement et au développement efficace et harmonieux de la Commission;
- Assurer les services techniques pour les réunions de la Conférence et du Conseil, ainsi que celles des comités spécialisés;
- Assumer le rôle de gardien des documents et des biens de la Commission;
- Préparer le budget de la Commission;
Exercer toutes les autres fonctions que la Conférence ou le Conseil lui confie.