O Secretariado é dirigido por um Secretário Executivo nomeado pela Conferência para um mandato de três anos renovável uma vez.
As funções do Secretariado são:
- Assegurar o funcionamento regular da Comissão;
- Implementar as decisões da Conferência e do Conselho;
- Preparar relatórios, projetos de decisões e de acordos, à consideração da Conferência e do Conselho
- Formular recomendações susceptíveis de contribuir para o funcionamento e desenvolvimento eficaz e harmonioso da Comissão;
- Assegurar os serviços técnicos das reuniões da Conferência e do Conselho, assim como das Comissões especializadas;
- Assumir o papel de depositário dos documentos e bens da Comissão;
- Preparar o orçamento da Comissão;
Desempenhar outras funções que a Conferência ou o Conselho lhe confiarem.